組織,是介于細(xì)胞和器官之間的中間體,也是生命科學(xué)研究的經(jīng)典材料。無論是克隆、定量PCR,還是測(cè)序,從組織樣品中提取核酸都是繞不過去的一步。試劑盒當(dāng)然是個(gè)好選擇,因?yàn)樗鼈兗确奖?,又省時(shí)。通常來說,試劑盒中包含了組織勻漿和細(xì)胞裂解的緩沖液,以及從裂解液中提取和收集DNA或RNA的工具。
同樣大小的組織樣品,在細(xì)胞數(shù)量上可能差別很大,這要取決于年限、器官以及來源的物種。試劑盒的說明書中通常都有建議用量。需要注意的是,肝臟和脾臟是轉(zhuǎn)錄非?;钴S的器官。對(duì)于來源于這些器官的組織樣品,其蛋白質(zhì)和RNA含量都很高。因此,在制備基因組DNA時(shí),只使用標(biāo)準(zhǔn)用量的75-85%就夠了。
此外,骨骼肌中的收縮蛋白、心臟中的結(jié)締組織,以及皮膚中的膠原,都讓核酸提取的難度升級(jí)。植物樣品往往也很棘手。有些代謝物的化學(xué)性質(zhì)與核酸類似,這使得它們難以去除。湊熱鬧的代謝物(如多糖、多酚和黃酮)以及純化過程中引入的污染物(如鹽或酚)會(huì)抑制酶促反應(yīng),或干擾凝膠遷移。
裂解組織樣品是釋放核酸的第一步。對(duì)于那些堅(jiān)硬、耐磨和難以處理的樣品,之前還需要增加一步組織破碎。MP Bio的FastPrep-24? 5G樣品制備系統(tǒng)就能勝任這樣的工作。它通過劇烈攪拌管內(nèi)的裂解介質(zhì)(如硅珠、玻璃珠或陶瓷珠)和樣品,來破壞微生物、動(dòng)物或植物的組織。作為MP Bio的第五代產(chǎn)品,它首次使用觸摸屏界面,操作更為簡(jiǎn)便直觀;同時(shí)動(dòng)力增強(qiáng),處理樣品更加快速。針對(duì)不同的樣品,MP Bio有16種裂解介質(zhì)可供你靈活選擇。
裂解之后,粗制的DNA產(chǎn)物必須經(jīng)過純化,以去除裂解過程中使用的去污劑、蛋白質(zhì)、鹽和試劑。大多數(shù)試劑盒都利用了硅膠與DNA或RNA結(jié)合的能力。試劑盒中要么使用硅膠膜離心柱,要么使用硅包被的磁珠。對(duì)于前者,硅包被的膜嵌在離心柱中。裂解液穿過硅膠膜時(shí),核酸與膜結(jié)合。之后添加水或緩沖液可釋放核酸。對(duì)于后者,包被硅的磁珠收集核酸,之后利用磁性可將其分離。
離心柱方便易用,是低通量實(shí)驗(yàn)室的首選。各個(gè)廠家也都提供此類產(chǎn)品。對(duì)于那些一次處理大量樣品的實(shí)驗(yàn)室,基于磁珠的提取試劑盒則是更理想的選擇。硅包被的磁珠與裂解液混合,釋放到溶液中的核酸與磁珠結(jié)合,之后通過磁性將復(fù)合物從裂解液中拉出。添加水或緩沖液,可從磁珠上釋放核酸。此過程非??焖?,需要付出的勞動(dòng)很少,因?yàn)榇盆F已經(jīng)做了大部分的工作。
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